Как писать хорошие статьи -- продолжение

А о чем вообще может быть статья по моделированию?
Расчет может выявить или предсказать какие-то особенности структуры, свойств, процессов -- то, что явно не следует из экспериментов или для чего пока нет экспериментальных данных. Расчет может помочь в интерпретации имеющихся экспериментальных данных. Расчетом можно подтвердить или опровергнуть какие-либо модельные представления об изучаемой системе. Расчет может продемонстрировать пригодность или непригодность какой-либо методики для данной модели системы.

Например, если по расчету выходит, что дипольные моменты молекулы в основном и возбужденном состоянии сильно различаются -- это означает, что данная молекула сольватохромна, и можно будет наблюдать сильную зависимость ее спектральных свойств от растворителя. А если эта зависимость действительно наблюдается, то такой расчет как раз ее объясняет, а заодно и показывает, какие структурные изменения сопровождают это изменение дипольного момента.
С помощью расчета можно выявить наиболее вероятную структуру молекулы, если эта структура неочевидна (например, возможны различные конформеры). Расчет может помочь сделать выбор в пользу определенного механизма процесса или отсечь маловероятные механизмы.
Ну, а методический аспект (пригодность/непригодность методики), думаю, достаточно очевиден.

Вокруг этого и надо строить текст. Т.е., начинать надо с вопроса: а что мы хотели показать этими расчетами?